Manastiri i Shën Mërisë ngrihet mbi pllajën kodrinore në brendësi të gjirit të Kakomesë, larg nga qendrat e banuara. Pozita e manastirit dhe niveli arkitektonik – konstruktiv i ndërtimeve që kanë mbetur dëshmojnë për rëndësinë dhe vlerat e tij. Kompleksi manastiror përbëhet nga kisha, kulla dhe një ndërtesë dykatëshe, që përdorej për ambiente shërbimi. Kisha përbëhet nga naosi dhe hajati. Naosi është formë kryqi me kupolë, triapsidal, me përmasa të brendshme 6,80×6,15 m. Kompozimi i jashtëm i kishës dallon për çatinë dyujëse dhe përvijimin e volumeve të tamburit tetëfaqësh dhe krahëve verior dhe jugor, të cilës mbulohen nga çati njëujëse. Për ndërtimin e muraturës janë përdorur gurë, me fugatura të rrafshuara mirë me llaç gëlqereje, ndërsa disa elementw janë suvatuar. Çatia është e mbuluar me tjegulla. Kulla pozicionohet në këndin lindor të oborrit, në pikën më të lartë të tij. Ajo është trekatëshe. Trajtimi arkitektonik i kullës është i thjeshtë me sipërfaqe të rrafshëta e të mbyllura, me hapësira të pakta dhe të ngushta ndriçimi si dhe frëngjitë e shumta për mbrojtje. Ndwrtesa e konakwve ndodhet në këndin verior të oborrit. Nw tw pwrfshiheshin dhomat e gatimit dhe të punës. Ndërtesa përmban elementë të shumtë arkitektonike e dekorative, si harqe, kolona, korniza, pragje dritaresh, etj., të realizuar me gurë të gdhendur. I gjithë kompleksi manastiror rrethohet nga mure të larta guri, ku ndodhet porta e hyrjes e mbrojtur mirë.